Developing CHARMM-Compatible Lipid Parameters for Ceramides and United Atom Chains
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
All-atom lipid bilayer self-assembly with the AMBER and CHARMM lipid force fields.
This communication reports the first example of spontaneous lipid bilayer formation in unbiased all-atom molecular dynamics (MD) simulations. Using two different lipid force fields we show simulations started from random mixtures of lipids and water in which four different types of phospholipids self-assemble into organized bilayers in under 1 microsecond.
متن کاملCHARMM general force field: A force field for drug-like molecules compatible with the CHARMM all-atom additive biological force fields
The widely used CHARMM additive all-atom force field includes parameters for proteins, nucleic acids, lipids, and carbohydrates. In the present article, an extension of the CHARMM force field to drug-like molecules is presented. The resulting CHARMM General Force Field (CGenFF) covers a wide range of chemical groups present in biomolecules and drug-like molecules, including a large number of he...
متن کاملdeveloping a pattern based on speech acts and language functions for developing materials for the course “ the study of islamic texts translation”
هدف پژوهش حاضر ارائه ی الگویی بر اساس کنش گفتار و کارکرد زبان برای تدوین مطالب درس "بررسی آثار ترجمه شده ی اسلامی" می باشد. در الگوی جدید، جهت تدوین مطالب بهتر و جذاب تر، بر خلاف کتاب-های موجود، از مدل های سطوح گفتارِ آستین (1962)، گروه بندی عملکردهای گفتارِ سرل (1976) و کارکرد زبانیِ هالیدی (1978) بهره جسته شده است. برای این منظور، 57 آیه ی شریفه، به صورت تصادفی از بخش-های مختلف قرآن انتخاب گردید...
15 صفحه اولModification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer
The CHARMM force field for DMPC lipids was modified in order to improve agreement with experiment for a number of important properties of hydrated lipid bilayer. The modification consists in introduction of a scaling factor 0.83 for 1-4 electrostatic interactions (between atoms separated by three covalent bonds), which provides correct transgauche ratio in the alkane tails, and recalculation of...
متن کاملtechnical and legal parameters for determination of river boundary,( case study haraz river)
چکیده با توسعه شهر نشینی و دخل و تصرف غیر مجاز در حریم رودخانه ها خسارات زیادی به رودخانه و محیط زیست اطراف آن وارده می شود. در حال حاضر بر اساس آئین نامه اصلاح شده بستر و حریم رودخانه ها، حریم کمی رودخانه که بلافاصله پس از بستر قرار می گیرد از 1 تا20 متر از منتهی الیه طرفین بستر رودخانه تعیین، که مقدار دقیق آن در هر بازه از رودخانه مشخص نیست. در کشورهای دیگر روشهای متفاوتی من جمله: درصد ریسک...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Biophysical Journal
سال: 2013
ISSN: 0006-3495
DOI: 10.1016/j.bpj.2012.11.3285